Son climat chaud tempéré offre à Okinawa une nature luxuriante, avec une faune et une flore variées. L'archipel abrite d'ailleurs de nombreuses espèces qu'on ne trouve nulle part ailleurs sur la planète, si bien qu'Okinawa est parfois appelé les "Galapagos de l'Orient". Aujourd'hui, un chapelet de petites îles constitue le département d'Okinawa, mais à l'origine, les îles japonaises devaient être rattachées au continent chinois. Il a fallu plusieurs dizaines de milliers d'années pour arriver à la topographie actuelle, mais cette longue évolution a permis à des espèces très diverses tant continentales qu'insulaires de s'installer sur Okinawa et d'y connaître une évolution biologique atypique et unique, d'où son étonnante biodiversité avec nombre d'espèces rares.