Liaisons aériennes avec le reste du Japon
Les différentes compagnies aériennes japonaises proposent 3 à 8 vols directs par jour à partir des principales grandes villes du Japon, comme Tokyo, Osaka, Nagoya, Fukuoka. En saison, d'autres villes de province assurent des liaisons directes avec l'aéroport de Naha, à raison de 1 à 3 vols par jour.
Il existe aussi quelques liaisons directes entre certaines grandes villes du Japon et les îles de Kume, Miyako et Ishigaki.

Aéroport de Naha
La principale porte d'entrée à Okinawa est l'aéroport de Naha. Avec son large hall d'accueil, son coin pour les enfants, ses boutiques de souvenirs et ses restaurants, son salon de massage et autres centres de détente, il est aménagé avec toutes les installations nécessaires pour accueillir les visiteurs dans les meilleures conditions de confort.
A partir de l'aéroport, des services d'autocars et de taxis, de même qu'une ligne de monorail permet aux voyageurs de rejoindre leurs destinations finales.

D'Okinawa aux autres îles du département
Plusieurs compagnies aériennes assurent des liaisons entre l'île principale d'Okinawa et d'autres îles du département : Japan TransOcean Air (JTA), Ryûkyû Air Commuter (RAC) et Air Nippon (ANK). Les principaux vols relient Naha à Miyako (en 45 minutes) et à Ishigaki (en 55 minutes), à raison de 7 à 11 liaisons quotidiennes (variable selon les saisons), permettant de faire facilement un aller-retour dans la journée.
D'autres vols au départ de Naha desservent les îles Yoron, Kume, Kerama, Aguni, Kita-Daitô, Minami-Daitô, Yonaguni, Okino-Erabu, Izena et Iheya, à raison de 1 à 8 vols par jour selon les destinations. Pour visiter les différentes îles alentour, combiner les liaisons aériennes et les liaisons maritimes permet d'optimiser ses déplacements.
L'aéroport de Miyako accueille aussi des avions au départ et en provenance des îles Ishigaki et Tarama, de même que l'on peut se rendre sur les îles de Tarama, Hateruma et Yonaguni par les airs à partir de l'aéroport d'Ishigaki.

Liaisons internationales
Il existe quelques liaisons directes internationales avec Taipei (China Airlines), Séoul (Asiana Airlines), Shanghai (China Eastern Airlines) et Hong Kong (Hong Kong Express), à raison d'un vol par jour.